El Consejo Universitario, de acuerdo a la Legislación Universitaria, es la máxima autoridad de la Institución y tiene como facultades exclusivas las siguientes (Art. 16 de la Ley de la BUAP):
I. Elaborar, modificar o abrogar el Estatuto Orgánico, las normas y disposiciones reglamentarias de aplicación general encaminadas a regular la organización y funcionamiento de la Universidad;
II. Crear, modificar o suprimir unidades académicas, técnicas y administrativas; así como aprobar, modificar o suprimir los planes y programas académicos de conformidad con el presupuesto;
III. Aprobar o modificar las políticas y planes generales de desarrollo de la Institución;
IV. Nombrar a la persona titular de la Rectoría, previa auscultación de la comunidad universitaria, en los términos que fije el Estatuto Orgánico y el reglamento correspondiente; y conocer de su renuncia o proceder a removerla por causa grave.
Se considera causa grave:
a) La traición a la patria;
b) Disponer del patrimonio de la Universidad contraviniendo su objeto y fines;
c) Ser condenado por delito intencional que amerite pena corporal;
d) No acatar las resoluciones del Consejo Universitario;
e) Violar la presente Ley, el Estatuto Orgánico o sus reglamentos, y
f) Las demás que establezca el Estatuto Orgánico.
En los casos previstos por los incisos b), d), e) y f), se requiere el voto de las dos terceras partes de quienes integren el Consejo Universitario.
V. Designar, a propuesta en terna de quien esté a cargo de la Rectoría, a la o el Abogado General, así como las personas titulares de la Contraloría General, de la Tesorería General, de la Defensoría de los Derechos Universitarios, y removerlos por causa grave, conforme a lo dispuesto en la fracción anterior y en los términos que señale el Estatuto Orgánico;
VI. Conocer y aprobar los informes anuales de actividades de las personas a cargo de la Rectoría y de los funcionarios mencionados en la fracción precedente;
VII. Conocer y aprobar los estados financieros debidamente auditados por la Contraloría General y el Despacho Externo que se designe conforme a las normas aplicables; una vez aprobados, se harán del conocimiento público y estarán a disposición de cualquier entidad pública o privada que solicite su consulta, de manera fundada y motivada;
VIII. Conocer y aprobar el proyecto anual de ingresos y el presupuesto de egresos que presente la persona titular de la Rectoría;
IX. Conocer y resolver los conflictos que surjan entre las autoridades universitarias, y entre éstas y quien integre alguno de los sectores de la comunidad universitaria, así como fincar responsabilidades y aplicar las sanciones por violaciones a esta Ley, al Estatuto Orgánico y a los reglamentos;
X. Promover, fomentar y evaluar los estudios en los niveles educativos que imparta la Universidad, la investigación científica, artística y humanística, así como impulsar el intercambio cultural, científico, artístico y académico;
XI. Conocer y resolver los asuntos que se sometan a su consideración que no sean competencia de ninguna otra autoridad de la Universidad, y
XII. Las demás que le señalen el Estatuto Orgánico y otras normas y disposiciones reglamentarias de la Universidad.
